baseHREF
├── BCL files from resequencing
│ ├── 02.BCL
│ │ ├── 06.SampleSheet
│ │ │ ├── EPIFAT_rerun_Pool1.csv
│ │ │ ├── EPIFAT_rerun_pool2.csv
│ │ │ └── EPIFAT_rerun_pool3.csv
│ │ ├── 210105_NS500606_0344_AHGY7JBGXH
│ │ │ ├── Config
│ │ │ │ ├── Effective.cfg
│ │ │ │ ├── FirmwareVersions.txt
│ │ │ │ ├── NextSeqCalibration.cfg
│ │ │ │ ├── NextSeqOverride.cfg
│ │ │ │ └── RTAStart.bat
│ │ │ ├── CopyComplete.txt
│ │ │ ├── Data
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│ │ │ │ └── running__NS500606__2021-01-05-21.55.06__0100__Run.imf1
│ │ │ ├── InterOp
│ │ │ │ ├── BasecallingMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── CorrectedIntMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── EmpiricalPhasingMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── EventMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── ExtendedTileMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── ExtractionMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── FWHMGridMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── ImageMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── PFGridMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── QGridMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── QMetricsOut.bin
│ │ │ │ ├── RegistrationMetricsOut.bin
│ │ │ │ └── TileMetricsOut.bin
│ │ │ ├── Logs
│ │ │ │ └── Logs.zip
│ │ │ ├── Recipe
│ │ │ │ └── NS4476180-REAGT.xml
│ │ │ ├── RTAComplete.txt
│ │ │ ├── RTAConfiguration.xml
│ │ │ ├── RTALogs
│ │ │ │ ├── 20210105-1136_GlobalLog_00.tsv
│ │ │ │ ├── 20210105-1136_GlobalLog_01.tsv
│ │ │ │ ├── 20210105-1136_GlobalLog_02.tsv
│ │ │ │ ├── 20210105-1136_GlobalLog_03.tsv
│ │ │ │ └── 20210105-1136_WarningLog_00.tsv
│ │ │ ├── RTARead1Complete.txt
│ │ │ ├── RTARead2Complete.txt
│ │ │ ├── RTARead3Complete.txt
│ │ │ ├── RunCompletionStatus.xml
│ │ │ ├── RunInfo.xml
│ │ │ └── RunParameters.xml
│ │ └── 210106_NS500606_0345_AHH23GBGXH
│ │ ├── Config
│ │ │ ├── Effective.cfg
│ │ │ ├── FirmwareVersions.txt
│ │ │ ├── NextSeqCalibration.cfg
│ │ │ ├── NextSeqOverride.cfg
│ │ │ └── RTAStart.bat
│ │ ├── CopyComplete.txt
│ │ ├── Data
│ │ │ └── Intensities
│ │ │ ├── BaseCalls
│ │ │ │ ├── L001
│ │ │ │ │ ├── 0001.bcl.bgzf
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│ │ ├── InterOp
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│ │ │ ├── QGridMetricsOut.bin
│ │ │ ├── QMetricsOut.bin
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│ │ ├── Logs
│ │ │ └── Logs.zip
│ │ ├── Recipe
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│ │ ├── RTARead1Complete.txt
│ │ ├── RTARead2Complete.txt
│ │ ├── RTARead3Complete.txt
│ │ ├── RunCompletionStatus.xml
│ │ ├── RunInfo.xml
│ │ └── RunParameters.xml
│ └── Epifat_Metadata[1].xlsx
├── Epifat_Metadata_resequenced.xlsx
├── Epifat_Sample overview.pptx
├── Epifat_Seq overview.xlsx
├── original_fastqs
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│ │ │ └── RNA-3-16_S14_L004_R2_001.fastq.bz2
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